在竞争对手获知并且已经实际使用权利人商业秘密的情况下，如何确定“重大损失”?理论与实践中比较一致的看法是首先计算权利人遭受的损失，包括收入的减少或者收入增长幅度的减少等。与此同时，在几乎所有关于侵犯商业秘密罪“重大损失”认定方法的论述中，均提到了还可以以犯罪嫌疑人获利来确定权利人遭受的“重大损失”。这一主张来源于反不正当竞争法第二十条第一款及最高人民法院《关于审理不正当竞争民事案件应用法律若干问题的解释》第十七条第一款对于侵犯商业秘密民事侵权行为赔偿数额的规定，赔偿数额确定的顺序为：权利人损失——侵权人获利——许可费用的合理倍数——法定赔偿。
对于将民事规范中确定被侵权人赔偿数额的标准引入刑事判决，很多人认为是理所应当的。笔者对此表示质疑：
首先，知识产权犯罪的结果要件包括“销售金额”或“违法所得”。而侵犯商业秘密罪的结果要件却明确为“给权利人造成重大损失”。由此可知，“违法所得”与“重大损失”应属刑法上两项独立的结果要件，在刑法未有明确规定的情况下，将“重大损失”扩大解释为包括“违法所得”有违反罪刑法定之嫌。最高人民法院、最高人民检察院《关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释》第四条规定，违法所得10万元与给权利人造成损失50万元属于同一量刑情节。因此，“违法所得”与“权利人损失”并非同一性质的概念。在侵犯商业秘密犯罪中以犯罪嫌疑人的获利即违法所得来认定“重大损失”，尤其是同等数额的认定“重大损失”值得质疑。
其次，民事赔偿中适用侵权人获利确定赔偿数额的前提是权利人损失“难以计算”。以侵权人获利来确定赔偿数额事实上是采用的一种推定的方法来推算权利人的损失。对于适用这种推定来确定“重大损失”的依据之一来源于侵犯商业秘密犯罪追诉标准的修改：2001年最高人民检察院、公安部《关于经济犯罪案件追诉标准的规定》第六十五条规定，侵犯商业秘密罪的追诉标准为给权利人造成“直接经济损失”数额在50万元以上。而2004年最高人民法院、最高人民检察院颁布《关于办理侵犯知识产权刑事案件具体应用法律若干问题的解释》时将“直接经济损失”修改为“损失”。学者据此普遍认为，现行侵犯商业秘密罪中的“重大损失”不仅包括直接经济损失，而且包括间接经济损失。而根据1999年最高人民检察院《关于人民检察院直接受理立案侦查案件立案标准的规定(试行)》等规定，所谓“间接经济损失”包括“在正常情况下可以获得的利益”。有学者认为，犯罪嫌疑人因商业秘密而获得的利益，本属于权利人可以取得的利益，故属于权利人的“间接经济损失”，原因在于在市场需求相对固定的情况下，商业秘密获得的收入往往是此消彼长的。笔者认为，将犯罪嫌疑人的获利就是权利人收入或者增量的减少，其本身存在着刑法是否允许进行推定的问题;同时，即使允许适用推定，则仍然存在的问题在于实践中，是否仍需要证明犯罪嫌疑人获利与权利人“重大损失”之间质以及量的对应关系?还是可以当然确定两者之间是1比1的关系，因此直接以犯罪嫌疑人获利来确定权利人“重大损失”?事实上，即使是民事诉讼案件中，当事人对自己遭受可得利益损失的证明，尤其是其可以取得预期利益的必然性，也有着相当高的要求。对此，2000年12月最高人民法院《关于刑事附带民事诉讼范围问题的规定》第二条也规定：“被害人因犯罪行为遭受的物质损失，是指被害人因犯罪行为已经遭受的实际损失和必然遭受的损失。”也即要求证明可得利益的“必然性”。民事诉讼或者刑事附带民事诉讼尚且有相当高的因果关系证明要求，在刑事诉讼中不具体个案讨论犯罪嫌疑人获利与权利人“重大损失”之间的因果关系而直接认定其为1比1，恐怕过于粗糙。
最后，在侵犯商业秘密犯罪案件中，是否允许犯罪嫌疑人就此提出反驳，即是否允许犯罪嫌疑人反驳说明其获利与权利人可能获得的利益的数额根本无关?比如犯罪嫌疑人证明权利人因为法律或者公司决策等原因，事实上无法或者不会进入犯罪嫌疑人销售产品的市场，这种抗辩是否应当予以考虑?在刑法条文没有明确规定的情况下，以犯罪嫌疑人获利来确定“重大损失”仍属于推定，推定即应允许反驳。由此，如果拟适用犯罪嫌疑人获利来确定“重大损失”，理论上应该允许犯罪嫌疑人反驳。正如有学者所言，以犯罪嫌疑人获利确定权利人“重大损失”的推定逻辑是“在市场需求相对固定的情况下”，销售量此消彼长。若犯罪嫌疑人反驳其与权利人并非在同一市场，则该种反驳在理论上应该成立，但事实上司法实践中并没有允许这样的反驳空间存在。
笔者认为，在现行刑法条文下，适用民法赔偿规范，以犯罪嫌疑人获利确定权利人“重大损失”，尤其是大量司法实践不考虑任何因果关系的论证而直接适用1比1的比例在理论上值得质疑。其根本原因在于刑法与民法应秉承的原则不同，刑法由于涉及刑罚这一最严厉的制裁措施，要求严格遵循罪刑法定原则，对于犯罪行为的构成要件亦应有十分精确的内涵与外延，扩张解释及推定应十分慎重;而民法的基本原则在于定纷止争，只要能够取得相对公平的结果，其规范可以相对灵活。但在侵犯商业秘密这一领域中，却存在倒挂现象，民法对于赔偿规范有明确的规定，刑法却规定模糊，而理论及司法实践在粗糙的适用推定。从应然层面分析，对于确实无法直接证明权利人“重大损失”而犯罪嫌疑人获利明显的情况是否应当规制?笔者也持肯定态度。尽管根据现有刑法条文分析，应当允许甚至应当采纳犯罪嫌疑人进行其获利与权利人“重大损失”无关的抗辩，然而犯罪嫌疑人未造成权利人“重大损失”却获得巨大利益的行为仍具有相当的社会危害性而应施以刑罚。在这一层面上，将犯罪嫌疑人获利解释为确定“重大损失”的标准之一是现有唯一的办法，其虽在法条解释上存在障碍但无疑是实质正义的。而要真正消除这一障碍，应当是在侵犯商业秘密罪的结果要件中增加“违法所得”这一结果要件。事实上，如此之多的判决均实质上以“违法所得”作为定案依据，也说明了实践对于这一结果要件的需求。
